devkitProを使う方法と、DSLuaを使う方法があります。お好きな方をどうぞ。

devkitPro

C言語なんで細かいとこまで手が届く。プログラミング経験者向け。

DSLua

スクリプト言語LuaをDS用に移植したもの。お手軽。
日本語の情報はDSLua Wikiが詳しい。