日本語化の手順は大きく「3つの段階」に分かれます。

[1] 日本語版メッセージデータの入手
[2] 実行ファイルとメッセージデータファイルの書き換え
[3] RCT3上での表示言語の切替設定

※「RCT3日本語化ツール」、「@wiki対訳表ダウンロードツール」の動作には共に
 「.NET Framework 4」のインストールが必要です。インストーラーはこちら↓。
 http://www.microsoft.com/ja-jp/net/netfx4/download.aspx 

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[1] 日本語版メッセージデータの入手

入手方法は以下の2通り[(1)、(2)]になります。
  それぞれ別のやり方なだけですので両方とも用意する必要はありません。

※ 以下の(1) 【手順Aパターン】と(2) 【手順Bパターン】は
  それぞれ別のやり方の手順となるので必ずどちらか一方だけを行うようにして下さい。

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(1) 【手順Aパターン(新しいやり方です)】 既存のメッセージデータをダウンロード

 ① 「RCT3日本語化ツール」(by 344師)をダウンロード・解凍します。
  2013/08/14現在の最新版はこちら↓。
  http://ux.getuploader.com/rct2ch_1/download/60/RCT3jp130401.zip
  ※GoG.com版にも対応、 作者曰く「これが最終版となる予定」だとのこと。

 ② 「2ch RCTスレ アップローダ」等にアップされているメッセージデータをダウンロード・解凍します。
  2013/08/14現在の最新版はこちら↓。
  http://ux.getuploader.com/rct2ch_1/download/69/20130804.zip

 ③ メッセージデータ(20130804.zip)を解凍して出来た「input.txt(すでに日本語化されています)」を
   ①を解凍してできた「RCT3jp130401」フォルダ内へ放り込んでそのまま上書き保存して下さい。

 ④ [2] 【手順C】 へ

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(2) 【手順Bパターン(以前の古いやり方です)】
   「@wiki対訳表ダウンロードツール」を使用してメッセージデータを作成する

 ① 「RCT3日本語化ツール」(by 344師)をダウンロードし解凍します。
  2013/08/14現在の最新版はこちら↓。
  http://ux.getuploader.com/rct2ch_1/download/60/RCT3jp130401.zip
  ※GoG.com版にも対応、 作者曰く「これが最終版となる予定」だとのこと。

 ② 解凍されたファイル「input.txt」を「input-org.txt」にリネームします。
  ※リネームにあたり「input.txt」のバックアップを行う必要はありません。

 ③ 「@wiki対訳表ダウンロードツール」(by 管理人)をダウンロード・解凍し
  「RCT3日本語化ツール」と同じフォルダに置きます。
  2013/08/14現在の最新版はこちら↓。
  http://ux.getuploader.com/rct2ch_1/download/74/RCT3plusJpnR.zip

 ④ ①の手順で解凍して出来た「RCT3jp130401」フォルダ内へ
   ③の手順で解凍した中身(RCT3plusJpn.exe)を放り込みます
  ※「RCT3jp130401」フォルダ内に②の手順でリネームした「input-org.txt」と
  「RCT3jp.exe」「RCT3plusJpn.exe」が同一パス上にあることを再確認して下さい。

 ⑤「RCT3plusJpn.exe」を実行します。
  DOS窓が開きます。ウェブ上から読み込まれた「@wiki対訳表」の日本語データが
  「input-org.txt」に組み込まれ、日本語化された「input.txt」が生成されます。

 ⑥ [2] 【手順C】 へ

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[2] 【手順C】 実行ファイルとメッセージデータファイルの書き換え

 ① [1]-(1) あるいは [1]-(2) で入手/作成された「input.txt」と
  「RCT3日本語化ツール」の実行ファイル「RCT3jp.exe」が同じフォルダにある状態で
  「RCT3jp.exe」を実行します。

 ②「参照」ボタンを使って、RCT3のプログラム本体がインストールされている
  フォルダを指定した後、処理を実行します。

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[3] RCT3上での表示言語の切替設定

 RCT3本体を起動し「Options」→「Language」を「English」から「Japanese」に変更すると
 日本語化が完了します。